賃貸退去時、見積書の納得した一部のみ支払いしたら他の納得出来ない部分も合意したことになりますか?

退去時、原状回復出来ておりリフォームする必要のない箇所に関してリフォーム費用を請求する見積書が届きました。
その点については国交省のガイドラインにも沿っていないと考えているので、支払うつもりはないのですが、見積書のその他納得する部分に関してのみ支払いをしたいと考えております。

その場合、私が例えば請求書に合意のサインをしていなくても、一部を支払ってしまったことにより、請求書全体(ガイドラインに沿っておらず支払いたくない部分)にも合意してしまったことになるのでしょうか?

必ずしもそうはならないと思いますが、支払いのみですと『どの部分に対して支払ったのか』が明確ではないため、支払う前にメールや書面等でその旨を示しておく方がよろしいかと存じます。