著作権譲渡契約書における商標登録・譲渡権・二次創作について

はじめまして。著作権譲渡契約書について質問です。

著作権を譲渡しても、商標登録や譲渡権や二次創作は許可をとって使用するようにするのは可能でしょうか?
また、可能であれば契約書にはどのように記載すればいいでしょうか。

商標登録した場合は、著作者は登録物を使用する際どのような対応をすればいいでしょうか?

一般に、著作権を譲渡した場合でも、二次創作について、原著作者の許可を要するとすることは可能です。譲渡権の許可は内容が不明確であり何とも言い難いです。商標と著作権とは異なりますので、一般には、著作権譲渡契約書というよりは別々に考えたほうがよろしいかと存じます。
著作権譲渡契約の詳細につきましては、資料を持ち寄り知的財産権を取り扱っている弁護士に直接法律相談されることをお勧め致します。