同僚との金銭の貸し借りで会社から支払いを命令されている

先日会社のお金を使い込み、会社には全て弁済をしたのですがその際に同僚にお金を借りていることが会社に伝わってしまいました。

貸してくれた当人は急がなくていいと言ってくれていますが会社から同僚から取り立てを依頼されたといい、今すぐ払えと言われています。

その場合会社の言うことを聞かなければならないのでしょうか?

金額は10万円で、退職時に退職金が20万ほど出るのでそれで支払いを行いたいと伝えたのですがそれはダメだ、借りてでも払えと拒否されました。

支払の強制は、裁判所に訴えを起こして勝訴判決を得なければできません。そのままにしておいても構いませんが、貸してくれた方との間で支払期限を明記した借用書を改めて作成してもいいでしょう。その期限までは、会社も何もできません。ただ、貸してくれた方が会社の影響下にあれば、事実上難しい可能性もあります。