市の住宅補助金に当選するもハウスメーカーのミスで無効になりました。

初めまして。相談させていただきます。

一戸建ての木造住宅をあるハウスメーカーで建てました。私はハウスメーカーに依頼した施主です。

札幌市次世代住宅補助制度(断熱性能の基準を満たした戸建てを新築し、申請すると受取れる補助金)に申請するために、ハウスメーカーに追加料金を支払い断熱性能を強化したことで、制度の条件を満たす住宅を建築出来ました。
契約前からこの補助制度の申請についてはハウスメーカーにお願いをしておりました。

その後、補助金を受けるための一次申請をハウスメーカーにしてもらいましたが、申請者が多かったため実際に補助金を受けられるかどうかは抽選になりましたが、結果抽選に当たり、補助金を受ける権利を得ました。

しかし、最後の本申請においてハウスメーカーのミス(本来は新築時にこの補助制度独自の検査をハウスメーカーの方で実施し、市が指定する検査機関で認証を受けておく必要があったがそれを行っていなかった)により補助金を受けることが出来ませんでした。
施主は、ハウスメーカーに対して性能基準が満たされているか、必要な検査をやったか、申請のタイミング等は逐一フォロー(メールの記録や打合せ時の録音も有)をしており、問題ないとの回答を受けていました。
全ての詳細な検査項目単位でのフォローまでは出来ていなかったため、今回の検査漏れには気付けませんでしたが、施主側には責任となるような行動はなかったと考えております。

この場合、本来受けることの出来た補助金をハウスメーカーに全額(140万円)賠償してもらうことは出来ますか?

本件の事実経緯を拝見する限り、相談者様とハウスメーカーとの間の請負(一戸建ての木造住宅を建築することを内容とする)契約において、ハウスメーカーは、施主(相談者様)が札幌市次世代住宅補助制度を申請するために必要な検査を実施し、検査機関の認証を受ける義務も負っていたと考えられます。
したがって、上記義務を怠ったハウスメーカーに対して、相談者様が受けることができなかった補助金140万円の賠償を求めることができる可能性は高いと思われます。
まずは、ハウスメーカーに対して、補助金相当額の支払いを求める連絡を行い、ハウスメーカーがこれを拒否した場合には、お手持ちの資料(各種契約書やメールの記録、打ち合わせの録音)をご持参のうえで、弁護士に相談されるとよいかと思います。