有給休暇の事後申請は拒否できる?

2月末に会社を退職しました。
理由は会社と合わず精神的不調に陥ったためです。
退職届提出後、心療内科で診断書が出て2月の2週目以降欠勤となりました。
有休が1日だけ残っていたので、欠勤中に「お休みいただいているうち1日は有休として処理してほしい」旨を伝えたところ、「有休は事前申請制なので許可できない」と拒否されました。
このケースの場合、会社が正しいのでしょうか?
これ以上揉めたくないので分かりましたと返しましたが腑に落ちません。

就業規則に記載されているかもしれませんね。
事後申請は認めないのが原則です。
したがって、会社の裁量によります。
拒否されても違法ではありません。