未払い金の回収と著作権に関して

システム開発をおこなっている企業です。

取引先A社と昨年6月から月額固定での業務委託契約を結んでいます。

月額固定とは別件で、見積ベースでの案件も同時進行している状況でした。
昨年末に別案件でトラブルが発生し、着手中の案件の一方的な解約の申し入れがありました。

それに伴い、昨年10月・11月・12月の月額固定の報酬が支払われていません。
もともと、支払いが遅れがちな事もあり、弊社で12月の段階で未払いの月額固定費に関しての支払い計画書を作成し、
支払予定日を記入してもらった状態です。

A社の言い分では請求書にA社が望む作業詳細が明記されていなかった為に支払えないとの事でした。
こちらに関しては、作業明細を追記した請求書を再発行済です。

見積ベースで進行していた案件(2件)に関しては、1件は既にサイト公開されて運用されている状況です。
もう1件は一時的に公開されていましたが、追加要件が発生したとの事で、現在は非公開になっているようです。

こちらの案件に対して、著作権侵害でプログラムの使用の差し止めを行いたいと思っていますが、削除は可能な状況ではありますが、サーバーはA社のものであり、警告の上、削除というような手段はとれるものでしょうか?

上記2案件に関しては開発費も未払い状態です。

売掛金回収に向けて、どういった手順を踏んでゆけば良いのかアドバイス頂ければ幸いです

訴訟などによる回収が必要かと思いますので、早急に弁護士に相談して依頼するようにするべきでしょう。

また、将来同種のトラブルが発生しにくいように、契約書の内容を見直して、成果物の知的財産権の帰属を定めたり、支払いが滞った場合に委託業務を停止できるような内容を織り込むことなども検討してください。
こちらについてもあわせて相談することを推奨します。