大学の授業料を夫の口座から勝手に自動引落しするための手続きした妻の責任は
私は何年も家庭内別居状態の夫です。数年前からは調停で決まった婚約費用を妻に払っています。また調停では子供の学費などは都度協議となっています。今年で21歳の娘はこの3月に3年学んだ専門学校を卒業し、大学に編入することにしたらしいのですが、編入については私は同意していません。その最中に妻から、そちらの口座（共有口座では無い）から大学の授業料を引き落とす手続きを行なったと連絡がありました。引き落とし手続きを勝手に行うなど言語道断と思いますがいかがなのでしょうか。
「同意していないので、引き落としを止めるように手続きして欲しい」と伝えるほか、
「引き落とされた大学の授業料分、婚姻費用の支払いから控除します」というような処理も考えられると思います。
引き落とされた学費を控除して別途婚姻費用を支払うことを拒否した場合、
相手が給与差押等してこないかどうかも考慮して、方針を検討するのがいいと思います。
可能であれば、依頼するかどうかは別にして、近所の弁護士に相談に行ってみましょう。