子どもがいじめで不登校になった

小学生の息子が仲の良かった友達グループにかげで私物や机などに落書きされ、それが原因で不登校になりました。心の傷も深く、謝罪も拒否しています。法的措置でその子や家庭を訴えることはできるでしょうか?

いじめ防止対策推進法で加害児童を別室対応してもらうことや出席停止にすることもできるでしょうか

不法行為にあたるので民事で損害賠償請求(私物の代金、慰謝料等)をすることが可能です。
また私物への落書きには器物損壊罪が成立します。
いじめが発覚した場合、いじめ防止対策推進法26条に基づく出席停止命令等の措置を講じる義務が教育委員会に生じます。
しかし、具体的にどのような措置を講じるかは教育委員会に裁量があります。
いずれにしても、誰がどのような行為をしたのかについての証拠が必要になります。
学校にはいじめに関する事実関係を調査する義務(いじめ防止対策推進法28条1項柱書)がありますので、まずは学校に調査を求めてはいかがでしょうか。

ありがとうございます
学校側に加害者の別室登校をしてほしい旨を伝えましたが、まずは加害者との対話をと言われて、止められております。
法律的に直接、教育委員会に伝えても大丈夫でしょうか?

直接伝えても大丈夫です。
また、直接伝える前に支援センター(https://www.dokyoi.pref.hokkaido.lg.jp/fs/2/5/5/4/5/8/0/_/kihonnhoshinnleaf4p.pdf)の相談窓口を利用してみるのもよいかも知れません。

ありがとうございます!大変参考になりました!