社員の家族への連絡は

過去にわたっての社内での不正を認めた社員がこの度、退職します。
退職前に親に連絡を入れるのは違法ですか?
警察での事情聴取は済んでいます。

何のために連絡をするのでしょうか。
親が身元保証人となっており、損害賠償請求をするというのであれば、権利行使ですから問題ないでしょう。
そうではなく、単に事実を伝えるということであれば、その目的との関係から、違法(例えばプライバシー侵害など)となる可能性はあります。

入社時に親が身元保証人となっております。保証人には通知義務があるとの認識をしてます。

退職の理由を通知するのであれば違法になる可能性が高いです。
やめておいた方がいいでしょう。
会社側が被害者なのに通知によって加害者にならないように気をつけてください。