労働契約書の給与について

労働契約書について。
友人から聞いた話ですが、その労働契約に疑問があり投稿しました。
新しい会社で非正規雇用で働くとの事。
有資格者なので日額1万5千円で月16日程度勤務。
その会社の社長が良い人で、所得税があまりかからないようにと、給与日額1万円、交通費日額5千円に分けて支給してくれるそう。
交通費日額5千円だと月当たり8万円ほどの交通費。仕事で外出の際は社用車を使用し、高速や公共交通機関を利用した場合は、領収書をもって別途精算すると契約書に書いてあると言います。で、実際に通勤にかかる金額は、往復日額600円程度、月当たり9千6百円。
このように事実と大幅に異なる名目で支給した場合、脱税やその他法的に問題にはならないのでしょうか?

通勤手当が非課税となる範囲については上限があります。

上限額を超えて通勤手当を支給し、かつ、課税処理をしていなかった場合、税務調査などの際に課税漏れが発覚し、追徴が発生する可能性も考えられます。

ご質問の事案のように、実際の移動時間や移動に要する交通費と、あまりに大きく離れた交通費を受給している場合、上述したような税務調査を通じて、追徴金が発生してくる可能性もありますので、実態に即した処理や申告をなされた方がご本人にとっても安全かとは思われます。

早々にご回答ありがとうございます。
税務調査は会社に入るものなんですか?
それとも本人なのですか?
追徴されるのはもちろん本人ですよね?
友人は、社長が会社の税理士を通してるから大丈夫と言っていたようですが、何か抜け道があるのでしょうか?
通勤手当と交通費の費目の違い、月額と日額の違い等で非課税の取り扱いが違うなどがあるのでしょうか?
小さな会社の様なので、とても心配です。