所定労働時間および残業について

タクシードライバー嘱託社員です。

勤務形態
・月18日勤務(ほぼ週4日勤務)
・7時~18時(所定労働7時間、休憩3時間、協定残業1時間)
※正社員は昼勤のみの場合、月22or24勤務で設定時間は同じです。

上記の勤務形態で約3年半務めていたのですが、有給をもらえていませんでした。(取らせてもらえないのではなくそもそも発生していなかった。)

その旨を担当責任者に相談した所、最終的には有給の付与を認めていただいたのですが、会社側はあくまで一日の所定労働時間は7時間と主張し、法定日数付与ではありませんでした。

そこでお伺いしたいのですが、「協定残業時間」は「所定労働時間」に含まないのでしょうか?

ちなみに、有給一日あたりの金額決算方法は、所定労働時間×最低賃金(7時間×986円)とあり、会社側にとっては所定労働時間を短く設定することは、日数だけでなく、金額まで少なくできるためメリットしかありません。

実際は休憩を1時間も取っていない社員がほとんどで、それは会社側も承知です。(会社から是正勧告を受けたこともありません。)

更に、休憩を長く設定しているのは、所定労働時間を短く設定するとともに、残業代が発生しないと主張するためのものであると考えられます。
実際、正社員でも残業代を受け取っている方は一人もいません。(週平均5.5日勤務×7時間となるため40時間を越えない)

上記に違法性はないのでしょうか?

ちなみに会社責任者が、ほとんどの社員が休憩を1時間も取っていないことを承知している旨の発言は録音してあります。

長くて申し訳ございませんがご回答宜しくお願い致します。

残業時間を所定の労働時間としてカウントしているのならば週30時間を超えているのは明白でしょう。
有給は通常の法定日数付与を主張できると考えられます。
また、休憩時間は実際に労働から解放されているかどうかで判断されるため、契約書に3時間と記載されていても実際に休憩が取れていないのであればその分の賃金(1日10時間労働になるなら割り増し分も)請求できると言えます。
タクシーならタコグラフなどで休憩時間を把握しているはずです。未払賃金請求も視野に入れて考えるべきでしょう。

ご回答ありがとうございます。

「拘束11時間、所定労働7時間、休憩3時間、協定残業1時間」

会社側の主張は、労働基準監督署には上記で届け出ているから「所定労働時間」はあくまで7時間で「協定残業」は所定労働時間に含まないと言っています。
それに対してこちらは、「拘束時間」から「休憩時間」を差し引いたものは全て「所定の労働時間」だと反論したのですが、聞く耳をもっていただけませんでした。

この場合どちらの主張が一般的に正しいとされるのでしょうか?
重ねて申し訳ございませんが宜しければご教授の程お願い致します。