財布からお金を少額、彼女に取られたかも

昨日、家に彼女が来ていました。確証はないのですが、家には彼女しか入れていません。今日確認したら財布から二万円なくなっていました。確証もなく、金額も二万円とかなり少額ですので、警察に相談しても動いてくれる可能性は低いと思うので、とりあえず本人に確認するほうがいいのでしょうか?認めたら返してもらうつもりです。認めなかった場合、もちろん彼女ではない可能性もありますが、シラを切っていた場合は勉強代と思って別れるべきですか?

相手の方が妻ではなく、交際相手であるため、いわゆる親族相盗例の適用はなく、理論的には窃盗罪は成立します。
ただ現実として防犯カメラ等の証拠がないのであれば、交際相手であることから、警察が刑事事件として受理する可能性は低く、民事事件だから対応できないと言われてしまう可能性が高いと思います。

次に、民事上ですが、交際相手が盗んだという証拠があれば、不法行為に基づく損害賠償請求または不当利得返還請求は可能です。
ただ、金額が低いことから、弁護士に依頼して訴訟をすると、費用倒れになってしまいます。
そのため、ご自身で返還交渉をせざるを得ないと思います。

交際相手が返してくれればよいですが、しらを切る可能性も十分ありますし、また仮に交際相手の方が本当に盗んでいないのであれば、今後の交際関係に大きく影響が及んでしまうというリスクもあるかと思います。

ただ、交際相手が本当に盗んでいるのであれば、残念ながら1度盗む方は2度、3度同じようなことをすると思いますので、質問者さんがおっしゃるとおり、別れた方が良いかと思います。