他店舗への通勤時のETCカードの請求について。

退職後のトラブルです。
去年の10月頃に会社の主任から会社名義のETCカードを渡されました。

去年の10月頃から元々配属されている店舗とは違う店舗に勤務することが多くなり自宅から遠いこともあって通勤でETCカードを使用しておりました。
会社を今年の7月末に退職して数日後に社長から電話があり"通勤で使うのは違うぞ、これは横領だ、俺はお前がETCカード持っているなんて知らない、使った分を請求する"と言われました。
確認しなかった自分自身が悪いのですが、自分の認識では他店舗に行くことへの使用だと思っていました。なので出勤時にも使用しておりましたし、出勤前に社長からの電話で急遽ここの店舗の人員がいないからこっちに行って欲しい、ETC使っていいからと言われて別の店舗に行くこともありました。しかし社長の認識は出勤してから使うのが普通で通勤で使っていいとは言っていない、通勤費、他店舗手当をつけているだろう。とのことです。

通勤費は元々ついてましたが今年の4月までは自宅から自店舗までの分だけでした。5月からはあがっていて、おそらく自宅から他店舗までの分だと思われます。
また他店舗手当もついていましたが最初からではなく途中からで、どの基準でついているのかわかりません。
就業規則も入社してから見たことがなく退社した今、確認することができないです。

他店舗への通勤で使用していただけでお互いの認識こ相違があったにも関わらず給料から引かさせてもらうと言われていますが、支払いの義務はありますか?

横領と言われていますがこれは横領にあたるのでしょうか?

在職中には何も言われず退職した途端これでこちらの話も聞いてくれない状況なので正直どうしたらいいのかわからないです。

お聴きしている情報だけですと、少し会社の言い分に分がありそうです。会社が給料から引くことは法律上許されませんが、あなたが相当額を返金することになる可能性があります。
本件は横領というよりも背任でしょう。
もちろん、不当な請求には応じる必要はありません。利用明細等をしっかり確認すべきです。

ETCカードを渡して来た時に使用用途を会社側が明確に提示していなくても支払うべきですか?他のスタッフが他店への出勤時にETCカードを使用していた話も聞いたことがありますし、通勤手当も今年の4月からしか増額しておりません。
円満な退社ではなく嫌がらせのような形で電話が来たので憤りを感じてしまって、、、。

当職は、社長の認識「出勤してから使うのが普通で通勤で使っていいとは言っていない、通勤費、他店舗手当をつけているだろう」という点を重視しました。「通勤費」をもらっておきながらETCを通勤で使うことはできないでしょう。
他のスタッフの話が事実であるとすれば、感じておられるとおり、嫌がらせの類です。しばらくは仕方ないですね。

元々の通勤費は自宅から自店舗までの分です。他店舗分に関しては5月の給料明細から増額してます。他店舗へ出勤になったのは去年9月頃からで去年の9月から今年の4月までは他店舗までの通勤費はもらっていない状態でした。