これは窃盗になりますか?

中学校内の出来事なんですが、僕の学校には給食当番というものがあり、クラス全員の給食の配膳をするのですが、給食当番は給食を給食室に取りに行く前に給食委員の人が、「当番用消毒液」で給食当番の手を消毒をすることになっています。僕は委員なので給食当番はやらないのですが、隣のクラスの当番用消毒液を隣のクラスの委員にスプレーで手に2プッシュかけてもらいました。
これは、窃盗になりますか?

消毒液の占有者と見られる学校側が承諾しているか、通常承諾するかによります。
話を伺う限り、これを学校が承諾しないようには思えないので、窃盗は成立しないかと存じます。

学校側が承諾しなかった場合は、起訴されますか?

起訴や少年審判がなされる可能性はほとんどないように思います。
もし相談者の方が普段から問題行動をしていて、学校側の指導に全く応じていないとかなら別かも知れませんが、そうでなければ、そもそも学校が警察に被害届の提出などをすることすらしないように思います。