故意ではないミスの罰金制度について。

友人は、配管の溶接の仕事をしています。
先日、故意ではないミスをしてしまい、罰金というか損害金?を100万会社から請求されたそうです。
詳しく書くと、周りに溶接の火花が散らないようにきちんと養生していたのに、風で養生が剥がれてしまい、その部分に火花がちってしまい、配管がだめになってしまったというものです。

現在、会社が100万を建て替えて、友人は少しずつ返していっているらしいです。
ちょうど、転職を考えていた時期で、「お金は必ず返済するのでやめさせてほしい」と社長に話をすると、
「いいけど、利息が増えるぞ」と言われてるらしいです。

転職できると思っていた矢先、このお金の問題が絡んできて退職できなくなり、友人は物凄く病んでいて、助けてあげたいです。

さて、この罰金制度は合法なのでしょうか………
製造の界隈のことは詳しくないので、
法律的に、どうなのか、詳しい方教えて下さい。
よければ、何を見て(就業規則とか)
どこに相談すればよいかとかも教えてくだされば幸いです。

労働局の相談窓口に電話したら、うちでは回答できませんと言われました……、

違法です。
相談先としては、労働基準監督署がいいでしょう。
監督署の判断次第では、弁護士が相談先になるでしょう。

労働局の相談窓口に電話したら、うちでは回答できませんと言われました……、

それなら、弁護士ですね。