横領罪?罪に問われるでしょうか?

個人間での物貸し借りで、それを売ってしまった場合なんですが。(弁償済み)
今更被害届を出すと言われました。

こうゆうのは警察としても民事不介入で相手にしないのでしょうか?

弁償済みであり、示談が成立していることを示せば、被害届を受理することはないのではないでしょうか。民事不介入の原則が発動します。

すでに弁償しているのであれば、被害は回復しておりますので、警察も事件として立件しない(被害届を受理しない)と思います。