窃盗の疑い無実を証明したい

息子(高校生)の寮で盗難事件が発生しました。
その犯人に息子が疑われています。
その理由はその被害に遭った金額の一部が息子の財布の中から出てきたからです。
息子は自分はやっていない誰かが自分の財布の中に入れたのだと言うのですが証拠(お金)があるじゃないかと…
なので被害に遭った子の財布や息子の財布、取られたとされる紙幣から指紋鑑定をできないか提案をしましたが、指紋を拭き取ったり手袋をしてたかも知れないから証拠にはなり得ない、証拠になったとしてもお前が犯人だと言う証拠にしかならない逮捕されるのはお前だと言われ却下されました。
警察を入れても今の状況では状況証拠で息子が逮捕されると言われてます。
学校側は罪を認め自主退学を促すような状態です。
なんとか息子の無実を証明し高校に残る方法はないでしょうか。

逮捕されることはないので、警察に相談するといいでしょう。
被害者や関係者から事情を聞いてもらったほうがいいでしょう。
また、罪を認めるのは愚かなことですから、それはしないでください。

先生が生徒一人一人に時系列で聞き取りをしたそうです。
息子は財布の中にお金が増えていたことをすぐに報告せずに嘘の証言をしています。
その点からも警察を入れて聴取した場合容疑をかけられるのは息子だと言われます。
この状況でも逮捕される事はないのでしょうか?
学校側が警察を入れるのを嫌がっているだけなのでしょうか?

学校が嫌がっているだけですよ。

そうだと信じてもう一度学校側にお願いしてみます。
ありがとうございます。