窃盗の処分についてです

私は、去年の6月中旬にアルバイト先の従業員3人のお財布の中からお金を盗みました。
金額的には2万5千ほどです。
1人には返しましたが2人には会いたくないと言われまだお金は返金できていません。
2人から被害届を出され6月下旬に警察署に行き刑事さんに取り調べを受けました。
その後検察官から呼び出され2回ほど取り調べを受け2回目に調書を作成しハンコを押しました。
その後検察の方からどのような処分になるのか他の検察官と話合いをして処分を決めますので連絡がなかったら何もなかったと思ってくださいと言われましたが通常どのくらいで処分の連絡が来るのでしょうか

検事調書ができたなら、3か月内、おそくも6か月以内に連絡がくるでしょう。
検事に電話して聞くといいでしょう。
通常は、検事付きの事務官が電話に出るので、様子を教えてくれます。

示談ができていない場合は、起訴される可能性は高いですか??

可能性としては、高くなりますが、あなたの場合は、金額も小さく、
示談したい意思も伝えているようですから、影響は小さいでしょう。

被害届を出された2人は、会いたくないとの一点張りで検察の方からはそのお店側が立て替えて
その被害届を出された従業員の2人分返したと言われ、お店側に返さないといけないのはわかってる?と聞かれました。ですがまだお店には行けていません。
また検察の方が処分を決めるのは
お店側が立て替えてくれたのをわたしがお店に行き謝罪とお金の返金したかなど確認をしたりするのでしょうか?

確認するのが普通です。
謝罪と弁償を急いだほうがいいでしょう。

お店側に謝罪とお金を返金しなかった場合は
起訴される確率かなり上がりますか??

またお店側が会ってくれなかったりした場合は手紙などで謝罪文を送って会ってくれる日を
書いて再度送ってもらうみたいにした方がいいでしょうか

確率は上がるでしょう。
何とか工夫して、弁償にこぎつけることです。