従業員の業務上横領が発覚、損害金違約金請求をしたいのですが、どう行動すべきでしょうか?

個人事業でサロンをしております。
先日スタッフの売上金横領が発覚しました。
スタッフは業務委託で契約しており、集客媒体(SNSやアプリ)は自由にOKとしていたのですが、その中の1つのアプリで店舗で会計しない物があることが判明し(オンライン決済でアプリ会社から登録者スタッフに直接入金される)、レジ金が合わない為、アプリの入金明細の提出をさせたところ、合わない分が全て出てきました。
ですが、本人は(入金を見ていなかった。ご迷惑をおかけしてすみません。)のみで、横領の自覚がない雰囲気です。

業務委託契約時、契約書に
【不利益に繋がる行為が発覚した場合は無条件で違約金50万を支払う事をこの書面を以て了承した事とする。】と言う項目も含めており、本人の住所・名前・印鑑もあり、こちらの割印をして1部づつ保管しています。

横領にあたる売上金と、違約金の50万の請求を求めたいのですが、どうすれば良いでしょうか?
本人は4/3を最後に出勤して逃げる雰囲気です。
4/3に話せる時間が無く、書面で
【あなたがしている事は業務上横領にあたるので、契約書に基づき契約破棄・横領金額と違約金の請求をします。○月○日までに指定口座に入金下さい。応じていただけない場合には刑事告訴致します事を了承下さい。】
の様な内容で作成し、了承の場合には住所・氏名・印鑑をしてもらい1部づつ保管。
【入金完了時には今回の件に関して告訴はしない・今後双方迷惑・損害となる行為は一切しない】など記載した内容の書面を作成送付。
了承しない場合・入金が滞った場合は刑事告訴の手続きに入る。
と考えているのですが、他に何かしておくべき事はありますでしょうか?

横領にあたる売上金と、違約金の50万の請求を求めたいのですが、どうすれば良いでしょうか?
→横領された金額について賠償を求めることは問題ありませんが、違約金についての定めは労働基準法16条違反のため違約金50万円の請求は困難と思われます。

回答ありがとうございます。
横領された金額の賠償は○、違約金は×と言う事がここで相談させていただいて判明して良かったです。
賠償請求には【契約期間中に複数回、不正売上計上・売上横領を帳簿・入金明細等により確認した為、契約違反とし損害賠償金を請求します】等でよろしいのでしょうか?

申し訳ありません。ご相談内容に読み間違いがありましたので、上記の回答について以下の通り訂正してお答えします。
違約金について、スタッフとの契約が雇用契約と評価されるものであれば労働基準法16条の適用があり違約金の請求はできません。契約内容が雇用契約と評価されるかは、契約書の表題のみではなく契約書の内容や労働実態などから実質的に判断されます。スタッフとの契約書の内容や労働実態が雇用契約と評価できるものであれば違約金の請求はできず、逆に業務委託契約であれば請求できる可能性はあります。なお、業務委託契約と評価できる場合でも公序良俗違反などにより違約金の定めが無効と評価される可能性があります。

賠償請求に当たって、書面の記載内容によっては脅迫等と評価されることもありますので、お近くの法律事務所で違約金の請求の可否も含めて書面についても具体的に弁護士にチェックまたは依頼をして請求したほうが無難と考えます。

ご丁寧にありがとうございます。
契約内容により違約金も請求できるかもと言う事ですね。
書面に関しても弁護士さんのチェックまたは依頼して請求、了解しました。
お忙しい中ご回答くださりありがとうございました