データの保管場所について

スマホで撮影した写真の原本データは、裁判が終わる前に外付けハードディスクなどへデータ移行したら、証拠の価値は無くなりますか?

そんなことないです。そもそもデータの保管場所を裁判所に知らせないことも多いので。
データの画像を加工したりすればもちろん問題でしょうが。