面会交流について父親が息子に会わせてくれない

息子と面会交流をしたいのですが、父親がさせてくれません。プレゼントを送っても受取拒否をされ、手紙交換などもさせてくれません。相手側には弁護士がついていて、どうしていいかわかりません。

面会交流調停申し立てを家裁に出してください。
家裁にひな形があるでしょう。
家裁に連絡の上、行かれるといいでしょう。

相手からも調停を申し立てるように言われました。不倫をして家を出て行ったのは相手です。親権を決める時も調停で面会交流は妨げないと一文が入っているのに、面会をさせてくれません。相手が再婚して息子が養子に入ったら、面会できないのですか?

面会できます。
面会交流調停時の調停条項は弁護士に相談するといいでしょう。

調停条項とは何ですか?弁護士に頼まないと面会させてもらえませんか?離婚した時は自分に親権があったんですが、6歳の息子が一歳の妹に暴力がひどくて、妹に命の危険性がででくるため、息子と娘を離して暮らすことになり、児童相談所にも相談した結果、息子の方を父親が引き取り親権交代をしました。娘の方は一歳の誕生日に父親が不倫相手の元へ出て行ったので父親の顔もわからなく、父親も娘の事は可愛くない、不倫相手の方がかわいいと、娘が産まれた時から言っていました。父親は息子に対しては愛情があるので、息子も父親は好きだったので、父親の方に引き取ってもらったら、面会拒否されています。
親権交代したら調停を起こしても面会交流させてもらえない可能性はありますか。

そんなことはありません。
面会条項は、間接強制が可能な条項にしておく必要があります。
そのための弁護士相談です。