敷金返済の少額訴訟について

賃貸を出た時に、3ヶ月分の敷金を返してくれなかっため、少額訴訟を申立ました。

相手方の答弁書に、私の訴状内容に対して全て不知となっていました。
全てを不知された場合、私の負けでしょうか?
それとも他に手段はありますか?

不知というのは結局相手の主張を認めない争うということですので、あとは証拠で証明できるかどうかになります。
まずは請求する側が主張立証しなければいけません。この場合には簡単にいうと、敷金をちゃんと納めたことと賃貸借契約が終了し部屋を明け渡しということを証明すれば、大家さんは全額返還する義務があることになります。今度は大家さんが、部屋に賃借人のせいで通常発生する以上の傷などができていることなどを証明すれば元に戻す費用を請求できて敷金からその額を差し引けるということになります。
どちらが勝つかは分かりませんが、借りている人のせいで部屋の価値が下がったということを証明するのはそれほど簡単ではないので、最初から諦める必要はないと思います。
頑張ってください。