著作権侵害で、民事裁判をやらない代わりに公正証書を締結することを求めらています

著作権法違反により、刑事裁判による執行猶予付きの判決が出ております。

被害者からは、民事裁判はやらない代わりに公正証書を求められています。強制執行のつもりもないとのことです。
しかし支払いの約束を破れば強制執行の可能性もあるとのこと。しかし、強制執行をすることで仕事がやりにくくなり支払いが止まるのも望んでいないようです。

定価に換算すれば1億円を超えてしまいます。

支払いは、毎月+ボーナス全額です。
毎月の支払いは、結婚もしているため生活が成り立たなくなります。

裁判を行った場合やはり自分が得た利益もしくは、1億円を超える判決になるのでしょうか。

定価で換算することはないでしょう。
売値から経費を引いたあなたの利益が損害と推定されますね。
推定ですから、実際はそんなに損害はないことを立証すれば、
損害額は下がるでしょう。
(参考まで)