みなし残業の金額が上がったのですが・・・

基本給200,000円(見なし残業10時間分 12,750円を含む)から基本給200,000円(見なし残業10時間分 13,125
円を含む)に変更されました。

理由としては、10月以降最低賃金が更新されたため、今までのみなし残業の金額だと最低賃金を下回ることからみなし残業の金額を上げたとのことでした。

ですが、みなし残業の金額が上がったのにも関わらず、基本給200,000円は変わらないとのことでした。

差額である375円分増えると思っていたのですが、どうなのでしょうか?

これは分かりやすく言うと,基本給を375円切り下げられたということです。基本給の額を含む労働条件の切下げは原則として労働者の同意が必要であり(労働契約法3条1項),同意のない一方的な切り下げは原則として無効です。
あなたが基本給の切下げに自由な意思に基づいて同意していないのであれば,労働条件の一方的切り下げが認められる例外的場合に当たらない限り,(375円の支払いを請求できます。