公正証書遺言による部分的な祭祀承継の可否と、寺社とのトラブルについて

ある高齢男性(妻あり、子供なし、独身の妹あり)と愛人関係にある独身者です。九州の田舎にある両親の代からのお墓と、実家の家と土地とお墓を継いで欲しいと言われ、合意しています。最後にはその墓に入ってもらってもよいとのこと。奥様は東京出身で、夫の実家の墓に入るつもりはなく、くだんの家も土地もお墓も要らないそうで、私達の関係は奥様には知れていないようです。
最近彼の衰えが気になり、近所の法律事務所に相談しました。公正証書遺言を作成し、家と土地の遺贈・祭祀承継者指定をしてもらうのが最善であるとアドバイスを受けました。家と土地は彼個人の名義になっています。
その後、図書館やインターネットで、更に詳しい情報を収集する中で、新たな疑問点がでてきました。
祭祀承継にあたって、

1.社会的地位のある方なので、葬儀と納骨だけは奥様にして頂き、それ以降の墓地や仏壇の管理だけ引き受けることは可能でしょうか? 後から法定相続人に葬儀費用を請求されるケースがあると聞きましたが、そのような事態を回避する手段はありますか?

2.こちらの身分は伏せ、彼に黙って、墓地のある九州の菩提寺に、墓地の管理の承継や、必要費用について問い合わせたところ、予想を越えた不愉快な態度で回答拒否されました。独身の妹さんが両親のお墓に入りたいという可能性もありますし(彼と妹さんは不仲でほとんど交流がない)、自分としてはそのようなお寺のお墓には入るつもりはありませんが、彼が私を祭祀承継者に指定するなら、お寺としては拒否できないのでしょうか? また、そのお寺から嫌がらせをされ、法外な管理料を請求されたりする可能性はありますか?
(彼も以前、菩提寺に同じ内容で問い合わせたことがあり、その時も納得の行く対応をしてもらえなかったそうです)

欲得ずくではなく、彼からの恩義に報い、遺志を継ぐ覚悟で考えております。

1,可能でしょう。遺言書の記載に工夫が必要でしょう。
喪主が葬儀費用を負担し、香典も受領するのが普通でしょう。
2,あなたが、祭祀承継者として指名されても、菩提寺は認めない可能性がありますね。
説得が必要でしょう。
法外な管理料を請求されることはないでしょう。

遺留分侵害請求を受ける可能性はあるでしょう。
遺言書に作成経緯を詳しく記載しておく必要がありますね。
終り。

簡潔で的確なアドバイスをありがとうこざいます。菩提寺の態度が強硬で彼も困っているので、彼には両親のお墓とは別に購入してある墓地があり、両親の遺骨をそちらへ改葬し、彼にも入ってもらうことを提案してみます。また遺留分侵害請求についても、しっかり対策を立てて準備していきたいと思います。