増額したみなし残業と基本給の関係性について

10月以降、最低賃金が改定されたたため、
今まで貰っていた、見なし残業ですと、最低賃金を割ってしまうため、
10/1以降、見なし残業が見直され900円増額となりました。

そのため、今まで貰っていたみなし残業との差額の900円が給料として上乗せされると思っていたのですが、増えませんでした。

自社に確認すると、確かに基本給に占めるみなし残業の割合は増えたが、
基本給とみなし残業を含めた合計は今までと変更はないと言われました。

この時点で何か違法性はあるのでしょうか?

固定残業代制を採っている会社であっても,そもそも残業代(割増賃金)の分を最低賃金額の計算に入れることには問題があります。固定(定額)のみなし残業代自体が判例が掲げる要件に即して適法に支払われているのかどうか,また,本年10月以降,東京都では1041円が時間単位の最低賃金額ですが,本当にこれをみたしているかどうかをチェックしたほうがよいと思います。