仕事を辞めると伝えたら内容証明を送ると言われた
1ヶ月以上前に会社での業務内容に明らかな法律違反をしている箇所が判明し、不安になり退職を申し出ました（業務委託契約になっていたが、成果報酬ではなく固定給、出社時間や出社場所も縛られていて、振られた仕事は断れない状況だったので実質雇用契約のようなもの？）
申し出たところすぐには辞めさせてもらえず、一つ仕事を完遂してから辞めろと言われて1ヶ月はやっていました（仕事をサボったら訴えると脅された）
一つ仕事を完遂させて再度辞める事を伝えたところ、自分のせいで金銭的な損害が出ているから、その事を踏まえて内容証明を送ると言われました。
この場合裁判沙汰にされたりするものなのでしょうか？
「損害」の内容次第ですが、経緯を伺う限りただの脅しのように思います。
信用できる会社ではなさそうですので早めに退職して縁を切った方がよいでしょう。ご自身での退職手続きが難しいようであれば、退職の代行を弁護士に依頼してください。
辞めるのが一番ですが，ガタガタいうのであれば，むしろ違法行為を強要されたとして争ってみたらどうでしょうか。
争い方ですが，弁護士に依頼するのも一つの方法ですが，費用倒れになる可能性が高いので，個人で加入できる労働組合に加入して団体交渉をしてもらったらどうでしょうか。「個人加入労働組合 茨城県」などで検索すれば相談に乗ってくれるところが見つかると思います。