源泉徴収を含まない金額の請求書にもかかわらず、差し引かれた状態で振り込まれる

フリーランスで執筆業をしております。
原稿納品後に先方から「源泉徴収について記載せずに請求書を送ってほしい」といわれたので指示に従ったものの、実際に振り込まれた額は源泉徴収が差し引かれたあとの金額でした。

【質問】
1.請求書の内容と異なる金額が振り込まれるケースはあるのか
2.なぜ先方は上記のような指示をしたのか(原稿料は必ず源泉徴収をするものだと認識しております)
3.確定申告の際は源泉徴収済みの処理でいいのか

ちなみになぜ上記のようなことが発生するのか先方に聞いたところ、明確な答えがもらえず疑問が残ったままです。
ご回答よろしくお願いいたします。

1.請求書の内容と異なる金額が振り込まれるケースはあるのか
>>会社の税理士や経理担当から指摘が入ったのではないかと推察します。

2.なぜ先方は上記のような指示をしたのか(原稿料は必ず源泉徴収をするものだと認識しております)
>>誤解や勘違いをしたのではないかと思います。

3.確定申告の際は源泉徴収済みの処理でいいのか
>>問題ありません。

早速ご回答いただきましてありがとうございます。

先方の勘違い・誤解が原因で源泉徴収記載なしの請求書を送るよう私に依頼

先方の税理士や経理からの指摘を受けた結果、振り込まれたのは源泉徴収された金額だった

ご回答いただいた通り、上記の流れなら理解できます。
しかし「源泉徴収について記載せずに請求書を送ってほしい」という指示は1度だけではなく、今回で3度目だったため不審に感じてしまいました。

担当者が源泉徴収を理解していないことが原因で今回のようなことが発生している場合、今後も指示通り源泉徴収の表記なしの請求書を送っても問題ないのでしょうか。
お手数をおかけしますがご回答いただけると幸いです。

真相はわかりませんが、会社によっては担当者間の連絡ができておらず変なことをやってしまっているケースも散見されます。

源泉徴収の表記なしの請求書を送っても問題ないのでしょうか。
>>違法ということはありませんので問題はありません。確定申告をされる際に、請求書の金額や記載と振込額がズレているのでややこしい瞬間は生じるように思いますが、間違えず記帳できるのであれば同じく問題はありません。

相手方との関係性にもよりますが、一度相手方の担当者や上司にしっかりと確認してみても良いかもしれません。