光熱費等の引き落とし変更について

妻と別居してから半年ぐらい経つのですが、妻が光熱費等の引き落とし口座をいまだに変更してくれないのですが、こちらで勝手に変更する事は出来ますか??

一般的には、解約届、通帳、届出印が必要になるので、本人でないと
できないでしょう。
あとは、電力会社等に連絡して、利用者相違につき、契約の変更を依頼
してみること、あるいは、残高を0にして、引き落としができないよう
にすることでしょう。
事前に、連絡しておいたほうがいいでしょう。

婚姻費用はきちんと払っていますが、勝手に変更して妻から訴えられてこちらが不利になる事はないですか??

不利になることはありません。
方針が決まったら、事前に連絡しておくといいでしょう。