遺産分割協議書を作成するにあたり

父親が今年1月に亡くなり、遺産分割協議書を作成にあたり資料を集め、評価証明書を入手したところ、登記済みの一つの建物で、登記事項と構造が違う事(登記書では3階だが評価証明書では4階)が判明しました。増築された部分(集合住宅の屋上に居住可能な木造家屋)が登記されていないと思われます。兄弟がシンガポールにいるため、早急に遺産分割協議書を作る必要があります。
時間もありませんので、どうすれば早く処理できるか、すべき事をご教示ください。

登記についての訂正は、相続後に、建物を取得した方が、
おやりになればいいでしょう。
分割協議に支障はないですね。
郵送で協議書を作ることになるでしょう。

ただ、遺産分割協議書の記載が、謄本内容の記載と、評価証明書の内容が違っていて問題ありませんか?

謄本で進めていいですよ。
問題ありません。

遺産分割協議書には登記上の記載をしたうえで,増築部分も同じ相続人が取得する旨を付記しておけば,問題ありません。