遺産になる預貯金が引き出されていた、どこからが不正かどうか問えるのでしょうか?

遺産分割についてです。遺言書で、不動産は、長男に。預貯金は3人で分割するとされていて、
同居している兄が預貯金をすべてか、だいたい引き出していたとします。
遺産分割協議ができません。預貯金の不正に引き出したかどうか、父の認知の度合いによるのでしょうか。

死亡前3年以内に引き出されたお金は、医療や介護
に使われたものでなければ、相続財産とみなされます。
また、不正に引き出したかどうかは、父の意思によるで
しょうから、判断能力のある意思に基ずいて、なんのた
めに引き下ろしたかどうか、で決まるでしょう。

預金は生前に引き出されたということでしょうか。
亡くなった父の承諾を得て下ろしていたのであれば
生前贈与になる可能性があります。

父に無断で下ろしていた(あるいは父が判断能力がなかった)のであれば
父が不当利得として返還請求できたこととなります。
父が不当利得返還請求できた場合は
不当利得返還請求について遺言書で記載がある場合は
遺言書の記載により、遺言書に記載がなければ
相続人が法定相続分に従い相続することになります。

遺言書を持って弁護士に面談で相談された方がよいと思います。