会社都合で退職できますか?

面接時に所定残業代が基本給に含まれていることを説明せず、2年6ヶ月以上過ぎ「基本給に所定残業代が含まれていた事を説明してませんでした。申し訳ない」と言われてます。面接時に説明を受けておれば入社はしていなかったと思います。会社を信頼できなくなりました。会社都合で退職できるでしょうか?

こちらから退職を申し入れる場合、一般に言うところの「会社都合」での退職とはならないと思います。

むしろ、拝見する限り、会社に対して未払残業代請求を出来る可能性もあるのではないかと思います。
特に、今回の「所定残業代」とおっしゃる費目について、今になって実は含まれていたと言ったとして、こちらがそれを認めるような書類に改めてサインなどしてない場合、有効にならない可能性が高いように思われます。

残業代の時効期間の関係で、2年前以前の請求権が毎月どんどんと時効にかかって請求できなくなっている状態です。
ですので、一刻も早く、証拠関係等を見た上で残業代請求などが可能かどうか、弁護士に相談されることをお勧めいたします。

ご意見ありがとうございます。詳しい内容は、下記の通りです。
今回、7月に急に就業規則の変更に伴い、雇用契約書(期限なし)を郵送をするから押印をするようにと会社よりメールが送信されてきました。それも、内容変更の事前説明も一度もなく。主な変更点としては、就業時間8:00~17:00(休憩1時間)⇒8:30~18:30(休憩2時間)、基本給定額残業無し(雇用契約書には定額残業記載なし)⇒基本給+定額残業代(合計は定額残業のない時と同じ、当初雇用契約書には定額残業記載あり)
納得が出来ないため現在押印はおこなっておりませし、今後も行うつもりはございません。押印をこのまましなければ違法になるのでしょうか。

以前と変更後の具体的な条項や、残業の実態や証拠関係などによって変わってくるので、書類一式をもって早急に弁護士事務所に連絡して法律相談をしたほうがいいと思います。

なお、あたらしい雇用契約書にサインしなければ違法という可能性は低いと思いますが、今回は先の回答でも述べた通り、時間が経つほどにこちらの不利益になる可能性があるので、あたらしい書面にサインせず、すぐに弁護士に相談する案件だと思います。

ありがとうございます。就業規則の変更に関し、会社側の違法性は有りませんか?

就業規則の不利益変更について、法律上の要件を満たしているのかが問題になりえますが、実際に変更した内容や、変更した理由など、様々な事情を総合考慮という形になるので、この場で明確に回答ができるようなものではなりません。

ここまでいずれも書かれている限定的な情報から推察できる内容をもとに、一般論としてご回答させていただきましたが、これ以上に詳しく知りたい場合は、弁護士事務所での法律相談を利用されるべきかと思います。