家賃滞納していましたが、最近になって払い終えたのに裁判所から通知がきたのです。

家賃滞納に関してのトラブルです。
今年の一月に引っ越してきて、主人が身体を壊して、療養中は働けず、2月から4月まで家賃を滞納していました。
保証会社の全保連には、4月から仕事を再開するのでひとまず給与が入ったら、二ヶ月分だけでもお支払いします。と伝えて、承諾を頂きました。
5月に、約束した通りに二か月分の支払いをし、その後も二ヶ月分ずつを払い続け、全保連から届く滞納金の通知の残高が減っていき、最終的には延滞手数料の1万円ほどの残高が残った通知が来ました。
ほぼ支払いが終わりに近付いたと胸を撫で下ろし安心していました。

ところが先日7月20日になって、2月から家賃の支払いが無いため、2年分の保証金を支払い、退去する様にと裁判所から通知が来ました。
全保連には連絡していてお金を遅延しながらも払っていたので、意味が分からず。
裁判所の通知には大家さんの名前が記載されていました。

この時おかしいとなと思ったのは、6月の末に、ケーブルTVの工事をする為に、管理会社を通して大家さんに工事の許可を得ていたのです。
(この時点ではもう家賃払い終えてます)

もし、家賃を滞納していた事実があって、出て行って欲しいと思っているならその時点で許可をおろさないのではと思うのですが、色々と意味がわかりません。

保証会社の全保連と管理会社と大家さんの連携が取れていないのか、どこでこんな事態になったのか予想もつきません。
連携が取れないってことがあり得るものなのか。

裁判所命令が出ているって事は、もうどうにもならないんでしょうか?

2月から未払いです。と言う、その内容もおかしいのですが、入金していても裁判所命令が出ることは良くある話なのでしょうか。

確かに遅延していたのは事実ですし、支払いの義務もあります。
やっと光が見えて払えたと思った矢先に、裁判所から通知が来るとは思わず。

※5月からは滞らず毎月二ヶ月分ずつ入金を開始してからは、全保連からは電話はかかって来ず、入金するたびに毎月に支払い残高のお知らせのハガキだけ来ていました。

裁判所の件に関しては、保証会社からの連絡も直接無かったので正直、とてもショックです。

入金した時の領収書、全保連から毎月送られてくる支払い残高の通知書など大事に保管していますが、これで証明出来たりしないのでしょうか?

このまま、もう退去するしか方法は無いのでしょうか?

宜しくお願いします。

裁判所の通知が初めてであれば、訴訟が起こされた旨の「訴状」が届いたものと思われます。最初に命令形で書かれるので驚かれたかも知れませんが、「という判決を求める」ということですので、まだ命令されたわけではありません。
入金はされていたとのことですので、どこかで行き違いになったことが考えられます。
「入金した時の領収書、全保連から毎月送られてくる支払い残高の通知書など」は、重要な証拠となります。提出して事実関係がはっきりすれば、訴えが取り下げられる(=最初からなかったことにされる)可能性が高いです。
答弁書の提出期限を書いた書類も同封されていると思いますので、間に合うように、届いた書類や前記の領収書等をお持ちになって、法テラスや法律事務所に相談にいらっしゃることをお勧めします。
もし、放置するようなことがあると、相手の言い分が(事実と違っても)そのまま認められ、それこそ強制執行につながりますので、絶対に放置はしないで下さい。
参考にしていただければ幸いです。

先生ありがとうございます!
とても不安でしたので、心が楽になりました。
まだ間に合うなら、近くの法律事務所に相談しようと思います。
アドバイスありがとうございました!