離婚時にお互いで独自に決めた分与額は支払わず、お金を返せと言われています。

現在は離婚しております。

婚約中、婚姻期間中に貸したお金を返して欲しいと簡易裁判所を通じて貸金返還請求の申立てをしてきました。
現在、向こうからの申立てで家具家電等の財産分与請求で話し合っている最中でもあり、お金の返却に関しては「ここでは出来ないので上記の方法でしてみたらどうか」と調停員から提案を受けたようです。

同棲中で、私が働けない状態の時に出していてくれた分や、婚姻期間中の美容関係のお金だったり、私の趣味のスクール代の授業料であったり…。
特に借用書などは書いていませんし、直接現金での手渡しでした。
離婚時に、あまりにもしつこかった事もあり、LINE上で同棲中と学校のお金に関しては、お互いで話し合って決めた独自の分与額から引いた残額を支払ってもらうよう伝え、応じてくれていました。
しかし、無料の弁護士相談で分与額を支払わなくて良いと言われた、LINEでのやりとりのため証拠にはならない、と言われたとの事。

離婚時にお互いで独自に決めた分与額は支払わず、お金を返せと言ってきています。
LINE上であれ、一度は認めていると言うことになり、支払いに応じなければならないのでしょうか。
また、独自で決めた分与額と言うこと、LINE上のやりとりのため、こちらは支払って貰えないのでしょうか…。

状況がうまく把握できていませんが、
現在、家庭裁判所での財産分与の調停と、簡易裁判所での貸金返還の調停がおこされているということでしょうか。
内容的には、ご質問の文面からでは、何が正当化というコメントも難しいのですが、

仮に上記のような状況だとすると、
財産分与は、婚姻中に形成した夫婦共有財産を基本的には2分の1ずつ分ける(精算する)というもので、もし調停で話し合って合意ができなければ裁判所が決定を出します。
これに対して、貸金返還の調停は合意ができなければ、不成立となって何も決まりません。その後相手が正式な裁判を起こす必要があります。
ただ、婚姻中に一方が他方に、金銭を渡す場合、必ずしも返還することを約束して渡すわけではなく、渡しきり(贈与)だったり扶養の範囲内だったりということがおおく、法律上の「貸金」をする状態(金銭消費貸借契約)というのは一般的ではないと思います。その意味で、相手の返還請求自体に合理性があるかどうかは疑問があります。

簡易裁判所を通じて貸金返還請求の申立てをしてきました。

・・・相手が金銭の交付をし それに対しあなたの方で返還するとの約束をした との2点について相手が主張・立証する必要があります。
 返還合意について争う余地が十分あると思われます。 
 具体的事情を弁護士に直接相談されるのがよいです。