学校への影響を避けるための意見書は有効ですか?

アスリートクラスの高校生男子です。電車内での不同意わいせつの被疑者として二ヶ月前に取り調べを受けました。この事について自分は否認しています。恐らく家庭裁判所に送検され、学校照会を行わられると思うのですが弁護士を雇い「もし本人が無実であった場合、調査段階で学校に連絡がいってしまうことで「退学」「部活動からの除名」「アスリートとしての推薦取り消し」などの不利益が生じると、後から無実が証明されても学校生活を取り戻せなくなります。」などといった意見書を出してもらうのは有効ですか?それとも学校への連絡は覚悟するべきでしょうか。ちなみに警察の方には今の所連絡はしないと言われました。

学校照会は、「家庭裁判所は、その職務を行うについて、…学校…に対して、必要な協力を求めることができる。」(少年法16条2項)という規定に基づき行われます。「できる」とあるように、家庭裁判所の裁量判断によるものですので、弁護人(付添人)からの意見書は有効です。
もっとも、例えば、実務上、東京都の公立学校の生徒の場合は通学先に出席状況や成績等を照会書で尋ねることがほとんどであり、このように確立した実務慣行がある地域の家庭裁判所の場合は意見書を提出しても照会自体は実施されてしまう可能性が高いです。
ただし、さらに、学校に知られてしまった場合でも、刑事裁判で有罪が確定するまでは罪を犯した疑いがある人であっても「無罪」として扱うとの無罪推定原則があります。少年事件でもこれが妥当するとして、退学処分等の不利益処分をすべきでない旨、学校に対して意見書を提出することも一案です。
ある学校の職員さんで、痴漢(迷惑防止条例違反)で逮捕され学校に連絡されてしまった方がいましたが、教育委員会へ意見書を送り、不起訴となった後、懲戒処分も一切なく解決したケースもあります。

黒澤先生、ありがとうございます。取り調べの連絡が二ヶ月も来ていないのですが、被害届を取り下げているという可能性はありますか?また、学校照会した場合もしくはしない事が確定した場合、こちらに連絡は来るのでしょうか。

逮捕・勾留されていない在宅事件では、身柄拘束事件のような厳格な捜査期間の制限(23日以内など)が法律上定められていません。そのため、前回の取り調べから数か月間にわたって捜査機関からの連絡が空くことは、実務上よく見られる一般的な状況です。単に防犯カメラ映像の解析や関係者の調書整理などの捜査手続に時間を要しているだけという可能性も十分に考えられます。
なお、少年事件においては、全件送致(原則として全ての事件が家庭裁判所に送致される制度)が採られています。警察や検察で送致に向けた手続が進められている最中である可能性もあります。

家庭裁判所への送致後、学校照会を実施された場合であっても裁判所から通知や連絡が届く制度はありません。ただし、弁護士が付添人として選任されている場合、付添人は家庭裁判所に備え付けられた社会記録(少年調査記録)を閲覧する権利を有しているので、照会の有無、内容を確認することができます。

今回の事が全て終わるのにおおよそどのくらいかかると思いますか?また最悪の場合は逮捕ですか?