過払いにあたるのか？あたらないのか？
労働問題。
昨年度の4月に会社側からもらった辞令には手当（国からの補助金）が月50000円と記載されていた。しかし、今年の6月に、昨年度の手当の計算を会社側が間違っていた。過払いにあたるので、返納して欲しいと言われた。年度末賞与でも計算が間違っていた。合わせてトータルで78万円。その内、39万を出来れば12月までに月2万円ずつ天引き。夏冬の賞与から10万と15万ずつ天引き。それが無理ならなんらかの方法で返して欲しい。
残りの39万の内、30万は手当として入る補助金を返納に充てさせてもらう。（本来なら賞与としてもらえる）残りの9万は会社側が被ると説明された。
辞令が出ているので月5万×12ヶ月分、60万は過払いにあたらないのでは？賞与は過払いにあたるのか？
また、根拠となる証拠を見せてください。納得すれば過払いであれば支払うと伝えているのに、根拠となる証拠（公式なもの）もなく、（見せられたのは会社側がエクセルで作ったもの）払わないなら裁判になると言われた。
こちらが上記のように伝えている（過払いであれば払う意思はある）のに、裁判出来るのか？
教えてください。
細かい事情（辞令等により給与条件が変更されているか等）が不明ですが、記載している内容だけで見ると、国からの補助金分として支給されていて国からの補助金の計算が誤っていたということなのでこれが正しい話であれば不当利得として返還義務はあると思われます。
正しい話かは会社から明確に根拠を示してもらうほかないでしょう。
返還義務があるとしてもどのように返還をするかは会社と合意により決定されてるもので、生活に支障がでるような返還方法はできないとしてもっと長期での返還として交渉すべきかと思われます。