有給休暇の賃金について

有給休暇の賃金についてお聞きします。今の会社は3年6ヶ月になります。今年6月迄1日4時間ひと月68時間勤務でした。7月から社会保険に加入し、変則勤務でひと月140時間勤務となりました。内訳は大体5.5時間が11日8時間が9日です。7月8月の有給が以前と変わらず4時間でした。9月に新しい有給が付与され5時間となりました。会社の規則で前年一年間の実績から有給時間決まると言われました。なので、来年の9月までは5時間だそうです。
私は、有給を取得する日の勤務時間になるのではないですか、と言ったところ、ずっとこのやり方でこれが会社のルールです。長時間勤務になったからといってすぐ変わることはないです。今までずっとこの方法で皆そうです。論外ですといわれました。
そこで労基法39条に基づいて会社の就業規則を確認したところ、…所定の労働時間を勤務した場合に支給する通常の給与とする。と書いてありました。会社の方針はコンプライアンス違反ではないでしょうか。

そのとおりで、会社の方針は違法です。
会社はおそらく有給休暇の付与日数の問題と有休を取った場合の賃金がいくらになるかの問題を混同しています。有休に対しては原則として「①労働基準法で定める平均賃金、②所定労働時間労働した場合に支払われる通常の賃金、③健康保険法に定める標準報酬月額の30分の1に相当する金額(ただし労使協定が必要)」を支払う必要があります(労基法39条9項)。
就業規則を持参して労働基準監督署などに相談されることをお勧めします。

ありがとうございます!自分の見立てに自信が持てました。会社は超一流企業の系列で労務や副店長に言わせると本社の方針の下での処理なのだから間違っている訳がないの一点張りで。ただ、AIは大企業でも法律をよく考慮にいれずバグったまま運用してしまうケースはあることだと回答してきたのです。会社からは、長時間勤務にしてやったのに有給が少ないとクレームをつけてきたバカなパート扱いをされ就業規則を見せてもらう際になんだかんだ理由をつけられ面倒くさい素振りで仕事が終わったあと3時間も待たされやっとでした。私は法学部出身なのでもし見立て通りなら見過ごすことは意に反します。ここは大企業相手に毅然と向き合った方が良いでしょうか。

それはあなたのご判断なので何とも言えません。
ただ、毅然と向き合うには種々のコストが発生します。そこまでする価値がある会社なのでしょうか。