会社での横領を自白、刑事事件としての処罰の可能性は?

4年前から会社で横領していてそれを自白しました。損害賠償何5千万ぐらいになるかもしれないです。会社が工具屋に水増し請求された分まで払わされそーです。2000万はすぐに払うと言っています。刑事事件になり捕まりますか?

刑事事件になり捕まりますか?
→会社が被害届を提出した場合、被害額が数千万円規模と相当被害金額が高いため逮捕されてもおかしくはないでしょう。

工具屋が水増しした分は工具屋に請求できますか?

金額が高いので、被害届ないし告訴された場合、逮捕されたり、起訴されて裁判になる可能性があります。
早い段階で、示談をしたほうが良いかと思います。
水増し分は詳しいご事情をお聞きしなければお答えできません。