塾の授業料の支払いについて
息子が半年ほど通っていた塾を辞めたあと1ヶ月ほどで塾長から連絡があり、授業料が一度も口座振替されていない。請求書を送るので振り込んでほしいという旨の連絡あり。聞けば塾側のミスで口座から落ちていなかったとのこと。その対応と説明に不満と経理体制のずさんさを感じたので本部(フランチャイズの塾なので)の確認のある本部からの請求書であれば払うと言って一旦落ち着く。(本部には私から話し、了承をえている)しばらくして本部ではなく塾長から請求書が届く。まだ開封してないですが、本部からの請求書なら払うという意思表示をして返送してもよいでしょうか？
引き落としができなかったという塾側の過失があるので、遅延損害金の請求はされませんが、そもそもご相談者には（支払できていない額の）塾代全額の支払義務があります。
フランチャイズであれば、その塾長からの請求が法的に正しく、本部からの請求は法的に根拠のない請求になる可能性があり、それに対して支払っても、むしろご相談者の債務が消滅しない可能性すらあります。
息子さんが半年で辞めたことについての不満もあるのかもしれませんが、息子さんのために塾と契約し塾代を負担した以上、親としてきちんと塾代を支払う姿勢（社会のルール）を子どもに見せておくのも、立派な教育だと思います。
支払いをズルズル回避し、結果支払いを免れることができたという（悪い）見本を見せられた息子さんがまねをして、支払うべき債務を支払わず、「お父さんも同じようにしただけだ」と開き直るようになるかもしれません。
このあと塾から提訴されて強制執行されるかもしれないので、息子さんにとってまねをしてはならない悪い見本として成立するかもしれませんが、それはそれでご相談者にとって意に添わない結果ではあるでしょう。
むしろこんなにお金をかけて塾に行かせたのにとその間きちんと勉強しなかった息子さんに「もったいないことをした」と思わせるほうが良いのではないでしょうか。
相手方のミスがあるとは言え、ご自身には支払い義務があります。そのため、支払いを拒否しても請求書が来た後は遅延損害金等も発生しご自身に不利になるかと思われます。