設計・施工契約の補足資料の法的効力とリスクを教えてください

大手施工会社へ事業用建物の建築を依頼予定で、現在、設計契約および施工契約の締結前です。

しかし、先方より「設計契約書・施工契約書ともに当社雛形のみで、個別修正・特約追加・付随契約・個別条項追加は対応不可」と説明されています。

当方としては契約内容に納得できない点が複数あり、その旨伝えたところ、契約書とは別に「補足資料(説明資料)」は作成いただきました。

ただし、先方からは以下の説明を受けています。

・補足資料は契約書ではなく説明資料の位置付け
・契約書へ付随させる、契約書より優先させる等の記載は不可
・補足資料への署名・押印も不可
・契約書本文への反映、特約追加も不可
・何かトラブルになった場合は補足資料も含めて説明・協議するとの説明のみ
・施工契約書についても同様の運用予定

また、設計契約には著作権・利用制限に関する条項があり、設計契約締結後に施工契約段階で条件調整ができない場合、設計契約締結時点で実質的に拘束されることを懸念しています。

特に懸念している点は以下です。

① 契約書上位置付けのない補足資料やメール・LINEでの説明は、後日どの程度法的意味を持つのか
② 契約書修正不可・特約不可・補足資料への押印不可という運用は、建築業界・実務上一般的なのか
③ 解除時費用や認識相違が生じた際、このような契約形態で施主側にどの程度リスクがあるか
④ 設計契約を先行締結することにより、施工契約交渉余地が実質失われるリスクはあるか
⑤ 契約締結前に最低限確認・書面化すべき事項は何か

この状況で契約を進める場合、どの点を重視すべきか、また法的・実務的リスクについてご意見を伺いたいです。

基本的に契約書の文言が全てだとお考えください。
仮に、それと矛盾する内容のメール等が存在する場合には、契約書作成までの経緯等との関連でその効力について将来争いとなる可能性はありますが、直ちに契約書の文言に優先するわけではありません。
ひな形を修正しないというのが一般かどうかわかりませんが、当該会社がそのような方針である以上、あとは契約をするかしないかという判断をすることになるのでしょう。