請負契約とそれ以外の契約について

法人と法人の請負契約とそれ以外の契約について、しっくりしないのでお伺いしたいです。
具体的には、注文者の指揮命令がなく受注者の裁量で成果物を出して、それに対して報酬をもらう請負契約は、はっきり理解できるのですが、注文者が現場で指揮命令し、仕様書もなく時間拘束も注文者の裁量になり、請負だから何時間でも拘束できると言われたことがあり、これは偽装請負にあたるのではないかと思いました。
現場で指揮命令権が注文者にある場合、作業時間を明記してもらい、それを過ぎる場合、残業代請求や作業が終わらなくても予定時間で終了できる契約にしたいと考えています。
具体的には、パソコンの設置設定の作業やLAN配線工事の依頼を受ける場合ですが、
仕様書通り成果物を注文者の指揮命令を受けることなく提出する分には、請負契約ですっきりするのですが、
仕様書もなく、現場で注文者の指揮命令を受けながら作業する場合、何契約でどのような契約書を作成すればいいでしょうか?また、契約書は、領収書とは違って電子でも印紙は必要になりますか?
これまで対象の法人とは、特に明確な契約は交わしておりませんでしたが、拘束時間に関して疑念が生じたので、この際請負元としっかりとした契約に関して交渉したいと考えた次第です。

仕様書もなく、発注者が、受注者の従業員に対して指揮命令をし、その従業員の時間管理等も行うような場合は、労働者派遣にあたり、労働者派遣契約となることが考えられます。労働者派遣事業を行うには、厚生労働大臣の許可を受けるなど、派遣法に従う必要があります。
なお、発注者が、受注者の従業員に対して指揮命令をせず、その従業員の時間管理等もせず、労働者派遣にあたらない場合には、
仕事の完成を目的とする請負契約のほかに、準委任契約とすることも考えられます。
また、紙媒体ではなく、電子契約での契約締結のみである場合には、印紙税の納付(収入印紙の貼付)は不要です。

ご認識のとおり、重要なのは契約名ではなく、実態として誰が指揮命令しているかです。
受注者が自分の裁量で成果物を完成させるなら請負契約として整理しやすいですが、注文者が現場で作業内容・手順・時間まで具体的に指示する場合は、純粋な請負とは言いにくく、実態によっては偽装請負や雇用に近い関係と評価される可能性があります。
ただし、偽装請負だから直ちに残業代請求できるわけではありません。残業代請求には、労働基準法上の労働者性が認められる必要があります。
パソコン設定やLAN配線工事で、仕様・成果物が明確なら請負契約でよいと思います。

一方、現場で相手の指示を受けながら作業し、時間拘束もあるなら、準委任契約や業務委託契約として、作業時間、時間単価、超過時の追加料金、作業範囲を明記するのが現実的です。
契約書には、特に次の点を入れることが有益です。
・作業内容・範囲
・予定作業時間
・超過作業は事前協議・受注者の承諾が必要
・超過分は追加料金
・作業範囲外の依頼は別料金
「請負だから何時間でも拘束できる」という理解は誤りです。

紙の契約書では内容によって印紙が必要になることがありますが、電子契約であれば通常、印紙税はかかりません。
なお、実際には業務内容や指示の具体性によって適切な契約形態が変わりますので、現在の取引実態を踏まえて契約書を整備したい場合は、弁護士に個別に確認しながら進めることをおすすめします。