会社の有給休暇を付与してくれないことについて

現在飲食店でアルバイトをしています。
契約社員として働いていますが、月の勤務時間が決まっていることや社会保険に加入していること以外はアルバイトとやっていることは変わらない状況です。
(うちで言う契約社員というのは、月の勤務時間はある範囲の中で自分で決め、それ以上働いても不足していてもその契約時間分のお給料が支払われるというもの)

有給休暇について相談なのですが、おかしいと思う点がいくつかあるので、ご判断頂きたいと考えております。

この会社では、アルバイトと契約社員には有給休暇がもらえません。
この時点で既に問題ですが、雇用契約書には「就業規則に準ずる」とだけ書いてあり、その就業規則も本社にあるため簡単に見ることは出来ません。

私の場合、契約時間は月130時間であるため、10日とは行かなくともある程度有給休暇は付与されるはずだと理解しております。

(この先、本社とのやり取りを記載しますが、私→店長→本社 また逆も然り。というやり取りなので、直接的に本社に伝えられている訳ではありません。)

本社の人が言うには、アルバイトや契約社員は、「自分の出勤可能な日時でシフトの提出が出来るから、有休が欲しいならその日を出勤不可で提出したらいい話」とのことです。
まずここがおかしいことの1点目です。

契約時間はありますが、毎月その時間ブレずに出勤するなんてことは、他の方もいるので中々難しい状況です。
そのため、ある月に多く働いたり少なく働いた場合は、次の月やその次の月で調整して平均130時間にしてください。ということです。

では、年度末で調整できなかった場合はどうなるのか問い合せたところ
「年度末で時間超過した場合は、その分だけ残業代として支給。不足していた分は、有休を充てる」とのことでした。

つまり、それまではどれだけ多く働いても残業代が出ることも無ければ、有休も使えない(そもそも有休といものは契約社員には無い)とのことでした。

そこで2点目のおかしな点が、今回の私の事例です。
年度末にインフルエンザに罹患してしまい、契約時間を大きく下回ってしまいました。
年度末だったこともあり、翌月での調整も不可能ということで、店長からは「不足分削られるかもしれないから、それだけは頭に入れておいて」と言われました。私がインフルになったことがいけなかったのですが、その時に「不足分は有休を充てるのでは? 」と思っていました。
ですが、3月の給料が入る4月のある日、給与明細を見てみると「欠勤控除」という名目で3万5000円ほど引かれていました。
この聞いていた話と違うというのが、2点目のおかしな点です。

店長が本社に問い合せて下さった際に、「それだと絶対文句出ますよ」と話をしてくださったそうなのですが、欲しいなら労基に行って、「これだけ有休付くからその分のお金ください」と言えば払うよ。と言われたそうです。
これが3つ目です。

ただ、店長が言うには「そういうことをしたやつはもうシフトに入れるなと言われるだろうね」とのことで、実質的な退職勧告が出るのでは?との予想もあります。

そんな会社辞めてしまえと言われればそれまでですが、どう対処するのがいいのでしょうか?

私としては、有休を与えてくれ。というのが1番の希望です。

有給休暇は一定の要件を満たせば法律上必ず発生する権利ですので会社がそれを「与えない」ということはできません。
一度労働基準監督署に相談されることをお勧めします。