個人間の借金について

個人間の借金の場合、相手方と何日に返済というので話がまとまっている中で
正規の日に返済がなかったからと
被害届を出すと言われました

LINEでもお互い納得してるととれる
文章が残ってる中で被害届は受理されてしまうのでしょうか?

詐欺罪の告訴・被害届ということでしょうか。
それであれば、文章から納得が読み取れるかという観点でなく、金銭を受け取った際にもう返済の意思がなかった(と受け取られかねない)状況かどうかという観点から検討する必要があります。
一般的には、詐欺罪の告訴・被害届を受理してもらうのは、相当にハードルが高いです。(全く受理されないわけではありません。)
なお、真意に基づく約束の後で、事後的にそれを守らなかった(守れなかった)というだけでは、犯罪が成立することはありません。