契約書とSaaS利用規約の矛盾解消のための覚書作成の注意点

自治体とSaaSのサービスを含む委託契約を結ぶ予定ですが、
SaaSには、利用規約あり、委託契約書と矛盾する箇所があります。
別途覚書を契約書優先で締結する予定ですが、契約書を優先してしまうと、
規約変更時の際、現行はサービス提供者側が変更できる内容ですが、
都度、契約先への同意が必要になっていまわないか心配しています。
良い方法がありますでしょうか。

契約書等の具体的な規定がどうなっているのかにもよりますが、優先関係を定める規定について、一部の事柄については、利用規約、契約書、覚書の優先順位を変えることが考えられると思います。「本契約と覚書の内容が抵触する場合は、本契約の内容を優先する。ただし、~については、」といったイメージが考えられます。

「利用規約と委託契約の内容が抵触する場合には委託契約の内容が優先する」といった内容を覚書で合意することになると思いますが、その場合抵触していない部分については引き続き利用規約が適用されると解されます。そのため、利用規約のうち委託契約と抵触していない部分に変更があっても、新たな契約を締結するといった対応は不要になると思われます。抵触している部分について自由な変更の余地を残したいということであれば、覚書でそのような文言を入れる必要があります(当然ですが、そもそもそのような文言を相手に受け入れてもらえるかという問題もあります。)。