ストックオプションのようなインセンティブ報酬の方法

M&Aを目指すスタートアップが、従業員にストックオプションのようなインセンティブ報酬を渡したい場合はどのような方法が良いでしょうか?
M&Aの売却金額に応じた報酬を渡したいです。

ストックオプションはIPOでは有効だがM&Aでは無効になる、と認識しています。

M&Aを目指すというのは,買い取ってもらうという意味でしょうか?M&Aの場合でもストックオプション自体が無効というわけではないのですが,従業員からするとM&Aされた後でもIPOされないなら「株を買っても仕方ない」となる可能性はありますね。M&Aに向けて具体的に動き始めた段階で行使してもらえば,会社の売却額に応じた報酬を受け取れるということにはなります。
他にも色々な方法が考えられると思いますが,MBOやLBOを目指すのであれば顧問弁護士は必須だと思いますので,顧問弁護士をつけて具体的に相談されるのが良いと思います。