会社がやってる事は違法ですか?

彼女が会社に通帳やキャッシュカードを預けていてそれを全く返そうしない
預けた理由はお金を使ってしまうから
会社で管理すると言われたので
預けたそうです
昨日銀行に通帳とキャッシュカードを再発行に行った際に銀行は預けている会社の判断がないと再発行は出来ないと言われました

銀行はなぜ預けている会社の判断がしないと再発行出来ないと言うでしょうか

通常ではありえないことです。同意なく預金通帳を事業主が管理することは、強制貯金として、労働基準法18条に違反します。

ひょっとして、質問をされている方は外国から技能実習生として日本に来ているのではありませんか? 
もし技能実習生であっても、通帳を返してもらうことはできますので、お近くの労働局や労働基準監督署に相談するといいでしょう。外国人向け相談窓口もあるはずです。