会社から借り入れした借金の一括返済
入社時に会社から業務上必要ということで自動車免許代と引越し代合計50万円借入れしました。毎月の給料から1万5000円ずつ天引きという形で契約書を交わしていましたが、ハードワークで健康状態が悪くなり、入社2ヶ月で退職しました。2ヶ月分の給料で3万は返済したのですが、残りの47万を一括で支払うようにと会社側に言われました。また、先月分の給与は税金控除分以外全額借金の相殺に当てると言われ、9月分の給与は未払いです。先月分の給与から引いても残り37〜38万あるのでそれを一括で返すように言われ、今まで通り分割なら返せますが一括だと厳しいです。会社側の指示を受け入れるしかないのでしょうか？
退職時にどうするかが予め決めてあったかどうかによります。
取り決めがなければ、会社が一括返済を求める根拠を欠くことになり、月１万５０００円の分割払いをすればいいことになります。
会社の主張どおりの取り決めがあった場合も、その内容が労基法に照らして有効かを慎重に判断しなければなりません。訴訟の争点になるでしょう。仮に有効とされた場合も、ないところからはとれないので、開き直る（分割払いを続ける）のも選択肢です。会社も、訴訟して、さとう様の財産を特定して差し押さえる手間・費用を考えれば、そこまでしてこない可能性も十分あります。
うまくいけば、先月分の給料も１万５０００円を除いて、一旦支払ってもらえる可能性もあるので、契約書等を持って面接相談を受けてみて下さい。
会社側の指示を受け入れるしかないのでしょうか？
相談者の同意があるなら、15000円分の天引きはありうるのかもしれませんが、1か月分もまるまる天引きというのは、労基法違反だと思いますので、賃金請求はありうると思いますよ。