人のお金をとってしまいました。

以前、私は職場で3人の方からお金をとってしまいました。3人のうち1人は被害届を出し下げられるわけもなく警察に呼び出され取り調べを1日かけて行いました。もう1人の方は会うことができ謝罪とお金を返しました。もう1人の方は、1対1で会うのは嫌だから刑事さんも一緒ならいいと言われ会う日にちや時間を決めていましたがそのタイミングで私が妊娠してるのが発覚しつわりが酷すぎて行くことができませんでした。その後何度か刑事さんから電話が来ておりその後の捜査的なものをするってことなのでしょうか。取り調べが終わってもこの件に刑事さんは介入することはできるのでしょうか。

捜査の状況や進捗がわかりませんが、謝罪や返金、取り調べを行なっても捜査が終了するわけではないですし、検察に送致されれば検察官の取り調べもあるかもしれません。起訴不起訴という最終的な処分があるまで捜査は続くので、担当者の変更がない限り、ご質問の刑事さんが事件に介入することはあるかと思います。

そうなんですね。もし3人のうち2人に被害届出された場合これから先どうなりますでしょうか。罰金では済まないですか?逮捕になりますか?

逮捕の可能性は低いかと思いますが、捜査機関からの電話には出て捜査には協力した方がよろしいかと思います。
処分内容については、こちらの掲示板だと具体的な事実などがわからないので一般論になりますが、被害金額が小さく初犯で前科前歴などがないような場合には、不起訴か罰金刑だと思われます。
とりあえず処分の判断で重要なのは被害弁償の有無ですので他の人にも返金することをおすすめします。
必要があればお近くの弁護士にご相談ください