同居していた友達とその友達の2人にお金を取られました。どうしたらいいですか?

私は一人暮らしをしていて、家を追い出されたバイト先で仲良くなった女友達(Aさん)を6月の間泊めてあげていました。7月1日に収納内のファイルから現金が20万円ほど取られていることに気が付き、直ぐに警察に連絡し家まで来てもらったのですが、荒らされた形跡もなくファイルの中にまだ4万程残っていたことから、空き巣の可能性は低く、恐らく同居していたAさんだろうと言われまた。また、一緒に住んでいたこととAさんが否定していることから、被害届は出すのが難しいと言われていました。(ただ、Aさんはもう私の家には入らないようにということになり、その日から私の家には入っておらず、荷物もまだそのままです。)

しかし、3日ほど前にAさんの6月末まで付き合っていた元彼さんから、私のお金を盗んだのは、Aさんと仲のいいBさん(私は面識がない)で、Aさんが私が居ない時に勝手にBさんを家に入れて、その時にBさんが私のお金を盗んだと、Aさんから電話があったと聞きました。

私の知らない第三者が関わっていることと、何も知らないと言っていたAさんがお金を盗んだ人を知っていると分かったので、その後すぐにまた警察に電話したのですが、先日担当した人が今いないのでまたこちらからかけ直しますと言われて、まだ連絡が来ていません。
この場合被害届は出せますか?
また、お金は戻って来ますか?

Aさんの協力があれば被害届は出せるでしょう。
お金が戻ってくるかどうかは相手次第ですので何とも言えませんね。