契約時特約における特約の効力の範囲と、設備故障のトラブルについてお聞かせください。

2年定期借家契約の戸建てを8年間居住し、5月末に退去しました。
入居時についていたシーリングライトが5箇所あり、そのうちの2箇所は使用できなかったため自費で交換し、今回新居に移しました。残り3箇所も経年劣化のため交換し、そのままにして退去しています。
また、給湯設備が入居5年ほどで故障してしまい、そちらも自費で交換しています。これに関しては管理会社経由で大家さんに対応の指示を求めましたが、管理会社の人が「大家さんに連絡がつかないから指示できない」とのことで、承諾を得ないままの交換となりました。給湯設備について業者さんは「入居時点で給湯器記載の耐用年数を超えているので交換しかない」と言っていて、新品になっています。古いものは回収してもらいました。

今回修繕費ということで敷金分プラス20万弱の請求があり、内訳としてはシーリングライトの弁償費用、壁紙交換、畳交換、フローリング交換の費用ということでしたが、壁紙に関しては本来6年過ぎたら0円であるが、喫煙していた部分にはそれが適用されないこと、また喫煙していない部屋の壁紙とフローリングと畳は契約時特約で交換費用は経年劣化だとしても全額借主負担であることを説明されました。
敷金は2ヶ月分納入していましたが、1ヶ月分は契約時特約で修繕費に充てずに消滅するそうです。(契約したのが親なので、今回初めてその特約を知りました。親は忘れていたそうです。)

給湯設備の費用は負担して欲しいと管理会社経由でお願いしたところ「大家の許可無く交換したものだから一切負担しない。勝手にやったことだから知らない。」と言われ、管理会社側も同じ主張のようです。
この大家さんは一事が万事この調子で、入居期間中何回か連絡をお願いしていたのですが、一切連絡が取れずにいました。(退去時点検には一番乗りで来てました)
管理会社側も契約時特約の話を持ち出してきて、退去にかかる費用は全額借り主負担ですから…と交渉する余地もなく、分割払いの許可のみいただいたところです。

わかりましたと返答してしまったので今からどうこう出来ることはないのかもしれませんが、納得できずにモヤモヤしています。

今回の件、給湯設備の交換費用について請求権があるのか、喫煙していないフロアも特約に則り減価償却を適用せずに請求されるのは妥当であるのか、この2点を知りたいです。
とくに給湯設備に関しては耐用年数が過ぎたまま点検もせずにいたこと、連絡を取ろうとしていたにもかかわらず相談無しに勝手に交換した!と主張していることに、非常に腹立たしく思っております。

給湯設備の交換費用については,本来賃貸人に修繕義務があるものと考えられますので,賃貸人に修繕を求めたが対応しなかったとして,交換費用相当の損害賠償請求が可能ではないかと思います(民法607条の2第1項参照/2020年4月適用の新民法の規定ですが,その趣旨は改正前にも妥当すると思います)。

喫煙については,国土交通省の原状回復ガイドラインp23で,「喫煙等により当該居室全体においてクロス等がヤニで変色したり臭いが付着した場合のみ,当該居室全体のクリーニングまたは張替費用を賃借人負担とすることが妥当と考えられる」とありますが,喫煙していない部屋では該当しません。

「喫煙していない部屋の壁紙とフローリングと畳は契約時特約で交換費用は経年劣化だとしても全額借主負担であることを説明されました。」
→これについては,その特約を確認しないと何とも言えません。